El género Trichoderma (Hypocrea, como forma teleomorfa) comprende un grupo diverso de hongos filamentosos ampliamente distribuidos en suelos agrícolas, residuos orgánicos y la rizosfera de numerosas especies vegetales (Kubiak et al., 2023). En agroecosistemas, estas especies destacan por su capacidad para actuar como agentes de control biológico y promotores del crecimiento vegetal, mediante mecanismos como la competencia por espacio y nutrientes, el micoparasitismo, la antibiosis y la inducción de respuestas de defensa en las plantas (Yao et al., 2023; Ismaiel et al., 2024). Además, diversas especies son capaces de sintetizar fitohormonas y favorecer la movilización de nutrientes, contribuyendo al desarrollo y productividad de los cultivos (Michel-Aceve et al., 2013; Illescas et al., 2021; López-López et al., 2023).

En el contexto de la agricultura sustentable, el interés por microorganismos benéficos del suelo ha incrementado debido a su potencial para reducir la dependencia de agroquímicos y favorecer procesos biológicos asociados a la salud del suelo (Torres-De la Cruz et al., 2015; Cucu et al., 2025). Diversos estudios han documentado que las condiciones edáficas, el manejo del suelo y el contenido de materia orgánica influyen en la composición de las comunidades microbianas, incluyendo poblaciones nativas de Trichoderma (Gupta et al., 2022; Kinsbergen et al., 2025). En este sentido, los sistemas con manejo agroecológico han cobrado relevancia debido a que promueven prácticas orientadas a la conservación de la biodiversidad, el reciclaje de nutrientes y el mantenimiento de la calidad del suelo mediante estrategias como la diversificación de cultivos, la incorporación de materia orgánica, la reducción del uso de agroquímicos y la conservación de la microbiota edáfica (Wezel et al., 2020; Banerjee y van der Heijden, 2023). Estas prácticas pueden favorecer ambientes más estables para el establecimiento y persistencia de microorganismos benéficos, incluyendo especies de Trichoderma, las cuales participan en procesos relacionados con la salud y funcionalidad del suelo (Poveda, 2021). Por ello, los sistemas agroecológicos representan ambientes de interés para la búsqueda, aislamiento y caracterización de especies nativas con posible aplicación biotecnológica. En este contexto, el estudio de la diversidad local de estos microorganismos constituye una estrategia relevante para la identificación de aislamientos adaptados a condiciones específicas de manejo y con posible potencial para su aprovechamiento en sistemas agrícolas sustentables (Zin y Badaluddin, 2020; Natsiopoulos et al., 2024; Shao et al., 2025).

La identificación de especies de Trichoderma basada únicamente en características morfológicas presenta limitaciones debido a la similitud fenotípica entre especies y a la plasticidad de sus estructuras reproductivas (Surma et al., 2025). Por ello, la región espaciadora interna trascrita (ITS) del ADN ribosomal constituye uno de los marcadores moleculares más utilizados para la identificación de hongos y delimitación preliminar de taxones dentro de este género. Sin embargo, estudios recientes recomiendan complementar su uso con marcadores de mayor resolución, como el factor de elongación 1-alfa (TEF1-α) y la subunidad dos de la ARN polimerasa (RPB2), particularmente para la discriminación de especies estrechamente relacionadas y complejos taxonómicos dentro del género (García-Núñez et al., 2017; Cai y Druzhinina, 2021).

En México existen estudios relacionados con la diversidad molecular y el potencial biotecnológico de Trichoderma; sin embargo, en Guerrero esta información es limitada, particularmente en sistemas agrícolas locales caracterizados por la producción de maíz, frijol, agave y otros cultivos manejados bajo esquemas tradicionales o agroecológicos (Ahedo-Quero et al., 2024; Matas-Baca et al., 2023). El objetivo del presente estudio fue aislar e identificar molecularmente especies nativas de Trichoderma presentes en distintos sitios del municipio de Chilpancingo de los Bravo, Guerrero, y analizar su distribución en función de las condiciones de manejo, bajo el supuesto de que ambientes con mayor diversidad vegetal, aporte de materia orgánica y menor perturbación química favorecen una mayor recuperación de aislados nativos.

Muestreo y aislamiento de hongos. Los aislados de Trichoderma se obtuvieron mediante trampas elaboradas con arroz como sustrato, siguiendo la metodología descrita por Vega-Acosta (2016). Previamente, el arroz fue sometido a tres lavados consecutivos con agua para remover el exceso de almidón y posteriormente se dejó secar a temperatura ambiente. El sustrato no fue sometido a cocción y se esterilizó directamente en autoclave a 121 °C durante 20 min antes de su utilización en las trampas. Para ello, se utilizaron vasos desechables cubiertos con tela de malla fijada con ligas en la abertura, cada uno con 30 g de arroz. Las trampas se colocaron en tres sitios del municipio de Chilpancingo, Guerrero, durante agosto y septiembre de 2025, bajo un arreglo en zigzag, a 30 cm de profundidad y con una separación de 3 m entre puntos de muestreo. Se instalaron 25 trampas en el Jardín Botánico de la Universidad Autónoma de Guerrero, 50 en la localidad de Palo Blanco y 50 en la localidad de Petaquillas, para un total de 125 trampas distribuidas entre los sitios de estudio.

Los sitios evaluados presentaron diferencias en cuanto al uso y manejo del suelo. La localidad de Palo Blanco correspondió a una parcela manejada bajo principios agroecológicos, caracterizada por un sistema de policultivo que integra agave, maíz, frijol, calabaza, árboles frutales y especies maderables. El manejo del sistema incluyó la aplicación de composta como fertilizante orgánico, la reducción del uso de agroquímicos mediante bioinoculantes, prácticas de labranza mínima y el monitoreo periódico de las condiciones del suelo. Por su parte, el Jardín Botánico de la Universidad Autónoma de Guerrero corresponde a un área destinada a la conservación y mantenimiento de diversas especies ornamentales, forestales y nativas, cuyo manejo se realiza mediante control físico de la vegetación no deseada, evitando el uso de agroquímicos para favorecer la conservación de la microbiota nativa del suelo. El abastecimiento de agua se realizó mediante riego manual. Adicionalmente, se evaluaron puntos de muestreo en la localidad de Petaquillas, correspondientes a áreas con vegetación espontánea y cobertura natural, sin antecedentes recientes de cultivo, aplicación de insumos agrícolas o prácticas de manejo agronómico, por lo que fueron consideradas zonas sin manejo productivo. Después de 10 días, las trampas se recuperaron y trasladaron al Laboratorio de Microbiología Molecular y Biotecnología Ambiental de la Facultad de Ciencias Químico-Biológicas para su procesamiento.

Caracterización cultural y morfológica de los aislamientos. El aislamiento de los hongos se realizó mediante la recuperación del micelio desarrollado sobre la malla de las trampas, seguido de su transferencia por punción a cajas Petri con medio papa dextrosa agar (PDA; MCD LAB®). Los cultivos se incubaron a temperatura ambiente durante siete días y posteriormente se sometieron a purificación mediante cultivo monospórico hasta obtener aislamientos axénicos (García-Latorre y Poblaciones, 2024). Como referencia para los análisis morfológicos y moleculares, se incluyó un aislado proveniente del producto comercial Trichozyme®, el cual fue considerado como control comercial. La caracterización cultural y morfológica se realizó a partir de cultivos monospóricos de siete días realizado en medio PDA, mediante evaluación cultural y microscópica de las estructuras reproductivas.

Caracterización molecular y análisis filogenético. El ADN genómico se obtuvo a partir de micelio fresco utilizando un kit Quick-DNA Fungal/Bacterial Miniprep (Zymo Research®). La región ITS (ITS1-5.8S-ITS2) del ADN ribosomal se amplificó mediante PCR con los oligonucleótidos SR6R (5’-AAGTAGAAGTCGTAACAAGG-3´) y LR1 (5’-GGTTGGTTTCTTTTCCT-3’), obteniéndose amplicones cercanos a 700 pb (Guigón-López et al, 2010). Los productos amplificados se purificaron y secuenciaron en ambos sentidos en el Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional Autónoma de México. Las secuencias obtenidas fueron editadas y ensambladas en BioEdit v7.0.9, mientras que la identificación preliminar se realizó mediante BLAST en GenBank del NCBI (Altschul et al., 1990). Posteriormente, se construyó un árbol filogenético mediante el método de Maximum Likelihood con 1 000 réplicas de bootstrap en MEGA 7.0 (Madeira et al., 2024), utilizando Aspergillus niger (LC632396.1) como grupo externo.

Diversidad de Trichoderma por lugar de muestreo. A partir del trampeo se recuperaron siete aislamientos nativos asociados al género Trichoderma, obtenidos únicamente en dos de los cuatro sitios evaluados (Cuadro 1). La presencia del género se registró en el Jardín Botánico de la Universidad Autónoma de Guerrero y en la localidad de Palo Blanco, mientras que en los dos sitios correspondientes a Petaquillas no se observó crecimiento compatible con Trichoderma. En Palo Blanco se recuperaron cinco aislados (AT5-AT9) a partir de 50 trampas, mientras que en el Jardín Botánico se obtuvieron dos aislados (AT1 y AT2) de un total de 25 trampas. Esta distribución sugiere una variabilidad espacial en la recuperación del género, posiblemente asociada a factores ambientales y edáficos, así como a diferencias en el manejo local del suelo. Se ha documentado que la abundancia de Trichoderma puede variar según temperatura, humedad, temporalidad del muestreo y características fisicoquímicas del suelo (Michel-Aceves et al., 2009; López-López et al., 2022).

Cuadro 1

Sitio de muestreo	Tipo de manejo	Latitud N	Longitud	Trampas	Aislamientos obtenidos
Jardín Botánico UAGro	Conservación vegetal	17°32′17.3′′	-99°29′38.7′′	25	AT1, AT2
Palo Blanco	Sistema agroecológico	17°22′32.412′′	-99°28′52.3′′	50	AT5, AT6, AT7, AT8, AT9
Petaquillas	Vegetación natural sin manejo	17°29′04.4′′	-99°27′26.5′′	25	-
		17°29′11.9′′	-99°28′02.8′′	25	-
Control (Trichozyme®)	Producto comercial	-	-	-	TC

Caracterización cultural y morfológica. Las colonias mostraron crecimiento radial rápido, cubriendo completamente el medio PDA después del periodo de incubación. A nivel macroscópico, las colonias presentaron forma circular, textura algodonosa a pulverulenta y superficie plana, con presencia de anillos concéntricos en la mayoría de aislamientos. Las tonalidades del anverso variaron de blanco y amarillo hasta verde intenso, mientras que el reverso mostró tonalidades claras a amarillentas. En la caracterización microscópica se observaron hifas hialinas, conidióforos ramificados, fiálides ampuliformes y conidios agrupados en diferentes configuraciones (Figura 1), características morfológicas compatibles con Trichoderma (Carrasco-López et al., 2024; Castrejón-Noguerón, 2024). No obstante, debido a la similitud fenotípica entre especies y a la plasticidad morfológica del género, la identificación taxonómica basada exclusivamente en caracteres morfológicos puede resultar limitada (Surma et al., 2025).

Figura 1

Caracterización molecular. De acuerdo con el análisis molecular se identificó a Trichoderma longibrachiatum, T. harzianum y T. asperelloides de los aislados obtenidos (Cuadro 2). Las secuencias obtenidas fueron depositadas en GenBank bajo los números de acceso PZ281653-PZ281660, correspondientes a los aislamientos AT1, AT2, AT5, AT6, AT7, AT8, AT9 y TC (Cuadro 2). El árbol filogenético mostró agrupamientos consistentes con distintas especies del género (Figura 2). Los aislamientos AT8 y AT9 se agruparon con secuencias de referencia de T. longibrachiatum, mientras que AT2 se relacionó con T. asperellum. El aislamiento comercial (TC) se agrupó con T. asperelloides. Asimismo, AT5, AT6 y AT7 se asociaron con T. harzianum, mientras que AT1 se agrupó con Hypocrea lixii, estrechamente relacionada con T. harzianum, conformando el complejo T. harzianum/H. lixii. Este último representó el taxón predominante, con cuatro de los siete aislamientos recuperados y presencia en ambos sitios donde se registró el género.

Considerando el origen de los aislamientos, en la localidad de Palo Blanco se identificaron representantes de T. harzianum/Hypocrea lixii y T. longibrachiatum, mientras que en el Jardín Botánico de la Universidad Autónoma de Guerrero se identificaron T. harzianum/H. lixii y T. asperellum. En términos de riqueza específica, Palo Blanco presentó dos especies de Trichoderma distribuidas en cinco aislamientos, mientras que el Jardín Botánico presentó dos especies representadas por dos aislamientos. Estos resultados evidencian la presencia de especies nativas de Trichoderma asociadas a sitios con diferentes condiciones de manejo y uso del suelo.

Cuadro 2

Aislamiento	Longitud (pb)	N.° de acceso	Especie de alineamiento	% de identidad
AT1	595	PZ281653.1	Hypocrea lixii	98
AT2	569	PZ281654.1	Trichoderma asperellum	100
AT5	587	PZ281655.1	Trichoderma harzianum	97
AT6	588	PZ281656.1	Trichoderma harzianum	99
AT7	580	PZ281657.1	Trichoderma harzianum	98
AT8	611	PZ281658.1	Trichoderma longibrachiatum	97
AT9	605	PZ281659.1	Trichoderma longibrachiatum	100
TC	569	PZ281660.1	Trichoderma asperelloides	99

Figura 2

Las especies identificadas coinciden con reportes previos realizados en México, donde T. harzianum, T. asperellum y T. longibrachiatum han sido registradas en distintos tipos de suelo y agroecosistemas, siendo consideradas especies de relevancia por su frecuente asociación con ambientes agrícolas (Guigón-López et al., 2010; Romero-Rosales et al., 2021; Sánchez-Miranda et al., 2021; Ahedo-Quero et al., 2024). En Guerrero, estudios previos han documentado especies similares asociadas a cultivos de jamaica y otros sistemas agrícolas (Romero-Rosales et al., 2021), lo que sugiere que estos taxones forman parte de la microbiota edáfica regional. Diversos trabajos han señalado el potencial biotecnológico de estas especies como agentes de control biológico y promotores del crecimiento vegetal, debido a su capacidad antagonista frente a fitopatógenos y a la producción de metabolitos de interés agrícola (Poveda, 2021; Afrouz et al., 2023; Jambhulkar et al., 2024). En particular, la predominancia del complejo T. harzianum/H. lixii observada en este estudio coincide con reportes que destacan su amplia adaptabilidad ecológica y frecuente recuperación en ambientes agrícolas (Ismaiel et al., 2024).

En este contexto, cabe mencionar que la recuperación de aislamientos varió entre los sitios evaluados, observándose una mayor frecuencia en la localidad de Palo Blanco, donde se obtuvieron cinco de los siete aislamientos recuperados. Este sitio se caracteriza por un manejo basado en principios agroecológicos, incluyendo la diversificación de cultivos, el uso de composta y una menor dependencia de insumos químicos. Diversos autores han señalado que prácticas de este tipo pueden contribuir al mantenimiento de comunidades microbianas más diversas y funcionales debido al incremento de la materia orgánica y a una menor perturbación del suelo (Gupta et al., 2022; Kinsbergen et al., 2025). Aunque los resultados obtenidos no permiten establecer una relación directa entre el manejo y la presencia de Trichoderma, la mayor recuperación de aislamientos en Palo Blanco coincide con lo reportado para sistemas donde se favorece la conservación de la actividad biológica del suelo.

El análisis molecular basado en la región ITS, complementado con la secuenciación y el análisis filogenético, permitió identificar los aislamientos obtenidos en el Jardín Botánico de la Universidad Autónoma de Guerrero como Trichoderma harzianum/Hypocrea lixii y T. asperellum, mientras que los aislados recuperados en la localidad de Palo Blanco correspondieron a T. harzianum/H. lixii y T. longibrachiatum. El complejo T. harzianum/H. lixii fue el taxón predominante, representando el 57.1 % de los aislamientos recuperados.

Los resultados obtenidos amplían el conocimiento sobre la diversidad de especies nativas de Trichoderma presentes en sitios con diferentes condiciones de manejo y uso del suelo en el municipio de Chilpancingo de los Bravo, Guerrero, incluyendo sistemas agroecológicos y áreas de conservación vegetal. Asimismo, aportan información sobre la distribución local de este género en la región. Sin embargo, dado que el presente estudio se limitó al aislamiento, caracterización morfológica e identificación molecular de los aislados, el posible potencial biotecnológico de los aislamientos obtenidos deberá ser corroborado mediante estudios posteriores de antagonismo, producción de metabolitos y evaluación funcional.

Limitaciones. El presente estudio representa una aproximación inicial a la diversidad de Trichoderma en tres sitios con diferentes condiciones de manejo y uso del suelo en el municipio de Chilpancingo de los Bravo. Entre las limitaciones metodológicas se encuentran el número de sitios evaluados, el tamaño de muestreo y el uso exclusivo de la región ITS como marcador molecular, el cual puede presentar limitaciones para discriminar especies estrechamente relacionadas dentro del género. Estudios futuros deberían incorporar enfoques multilocus que incluyan marcadores como TEF1-α y RPB2 para incrementar la resolución taxonómica.

Conflicto de interés. Los autores declaran no tener ningún conflicto de interés con respecto a la investigación, autoría y/o publicación de esta Nota.

Financiamiento. La presente investigación fue financiada parcialmente mediante una beca de la Secretaría de Ciencia, Humanidades, Tecnología e Innovación (SECIHTI) y con recursos complementarios aportados por el autor de correspondencia para el desarrollo experimental y analítico del estudio.

Agradecimientos. Agradecemos a la Secretaría de Ciencia, Humanidades, Tecnología e Innovación por otorgar una beca a Jatsiris A. Meza-Silva (CVU: 2071621). Los autores también agradecen a Cristian A. Ramírez por su apoyo técnico.

Contribución de los autores. Conceptualización y diseño del estudio: Meza-Silva, Reyes-Ríos y Toribio-Jiménez. Trabajo experimental y adquisición de datos: Meza-Silva, Toledo-Hernández y Martínez-Galero. Análisis molecular y filogenético: León-Rodríguez, Patricio-Hernández y Meza-Silva. Análisis e interpretación de resultados: todos los autores. Escritura del borrador original: Meza-Silva, Patricio-Hernández y Toribio-Jiménez. Revisión, edición y aprobación de la versión final: todos los autores.