rmfiRevista mexicana de fitopatologíaRev. mex. fitopatol0185-33092007-8080Sociedad Mexicana de Fitopatología A.C.10.18781/R.MEX.FIT.2605-3Reporte FitopatológicoPrimera detección de bell pepper endornavirus infectando al pimiento morrón en Guanajuato, MéxicoDuarte CruzAna Belen1SolerVíctor Manuel Martín del Campo2StevensKristian3Diaz-LaraAlfredo2Instituto de Ciencias Agropecuarias, Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo, Km. 4.5, Carr. Pachuca - Actopan, Campo de Tiro, C. P. 42039, Pachuca de Soto, Hidalgo, MéxicoUniversidad Autónoma del Estado de HidalgoUniversidad Autónoma del Estado de Hidalgo42039Pachuca de SotoHidalgoMexicoSchool of Engineering and Sciences, Tecnologico de Monterrey, Av. Epigmenio González 500, Fracc. San Pablo, C. P. 76130, Querétaro, México Tecnológico de MonterreyTecnologico de Monterrey76130QuerétaroMexicoDepartment of Computer Science and Evolution and Ecology, University of California-Davis, Davis, California 95616, USA.University of CaliforniaUniversity of California-DavisDavisCalifornia95616USAAutor de correspondencia: Alfredo Diaz-Lara diazlara@tec.mx08092026Sep-Dec2026443rmexfit260532505202617082026Este es un artículo publicado en acceso abierto bajo una licencia Creative CommonsResumenAntecedentes/Objetivo.
El pimiento morrón (Capsicum annuum) es uno de los cultivos agrícola más importantes de México. A nivel mundial, se han reportado infecciones de más de 60 especies de virus en Capsicum spp., algunas de las cuales están asociadas con pérdidas significativas en rendimiento y calidad. El objetivo de este informe es determinar la presencia de bell pepper endornavirus (BPEV, Alphaendornavirus capsici) en cultivos de pimiento morrón en Guanajuato, México.
Desarrollo experimental.
Se colectaron muestras de pimientos morrón de un invernadero comercial en Guanajuato, México, en mayo de 2024. Una planta sintomática (síntomas de mosaico, amarillamiento de las hojas y enanismo) se analizó mediante secuenciación de alto rendimiento (HTS, por sus siglas en inglés). La detección y la identificación de muestras individuales se llevaron a cabo por medio de una reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR, por sus siglas en inglés) y se corroboró con secuenciación Sanger. Se condujo un análisis filogenético para investigar la diversidad genética del virus.
Resultados.
Se obtuvo una secuencia parcial de BPEV mediante HTS y ensamblaje de novo (GenBank: PZ103604). Este virus formaba parte de una infección mixta en la planta sintomática, junto con el Begomovirus capsicumhuastecoense (pepper huasteco yellow vein virus) y Cucumber mosaic virus. Además, cinco plantas de pimiento morrón, incluidas sintomáticas y asintomáticas, dieron positivo para BPEV con RT-PCR; la identidad del virus se confirmó mediante secuenciación y análisis filogenético.
Conclusión.
La detección de BPEV en cultivos comerciales de pimiento morrón en Guanajuato resalta la importancia del monitoreo continuo de virus emergentes, incluidos posibles infecciones mixtas con otros virus, así como de continuar estudiando su impacto en la salud y productividad de los cultivos. Si bien se detectó BPEV en plantas sintomáticas, los síntomas observados no se pueden atribuir a este, ya que se detectó como parte de una coinfección. Hasta donde tenemos conocimiento, este es el primer informe de una infección en pimientos morrón de BPEV en México.
El pimiento morrón (Capsicum annuum) es uno de los cultivos agrícolas más importantes de México. Según datos públicos del gobierno, la producción a nivel nacional fue de 580 000 toneladas en 2025, con Sinaloa, Sonora, Jalisco y Guanajuato siendo los principales estados productores (https://nube.agricultura.gob.mx/cierre_agricola/). La infección de Capsicum spp. con más de 60 especies de virus ha sido reportada, muchos de los cuales son responsables de pérdidas significativas de rendimiento y calidad a nivel mundial (Petrov et al., 2024).
Los endornavirus pueden infectar a una amplia gama de hospedantes, tales como plantas, hongos y oomicetos. Varias plantas de importancia económica y cultural pueden ser infectadas por endornavirus y se han reportado infecciones en plantas tales como el frijol, cereales, cucurbitáceas y pimientos. Estos virus no provocan síntomas visuales y resultan en pérdidas menores en cuanto a cantidades de fruta y pérdida de peso (Paudel et al., 2024).
El bell pepper endornavirus (BPEV, Alphaendornavirus capsici) es un virus de ARN que infecta a las plantas del pimiento morrón, se transmite de manera vertical por medio de semillas infectadas. El BPEV no causa síntomas aparentes; sin embargo, sus interacciones con otros virus se han vuelto un tema de creciente interés, ya que las infecciones que involucran a BPEV pueden influir sobre desarrollos de enfermedades y la expresión de síntomas (Paudel et al., 2024; Escalante, 2018). Para contribuir aún más a futuras investigaciones relacionadas con estas interacciones, el objetivo de este informe es determinar la presencia de BPEV en cultivos de pimiento morrón en Guanajuato, México.
Desarrollo experimental
En 2024, se recolectó una muestra proveniente de una planta de pimiento morrón de cultivar ‘Magno’ que presentaba síntomas de mosaico, amarillamiento foliar y enanismo en un invernadero comercial del estado de Guanajuato. Debido a consideraciones de confidencialidad, no es posible profundizar de manera pública acerca de la ubicación exacta del sitio en el que se recolectó la planta sintomática. Para investigar la etiología de los síntomas y la posible presencia de una infección viral, se realizó un análisis mediante secuenciación de alto rendimiento (HTS, por sus siglas en inglés) en el Tecnológico de Monterrey. De manera breve, mediante el uso del kit viral MagMAX en combinación del KingFisher Apex System de Thermo Fisher Scientific (EE. UU.), se extrajo el ARN total de las hojas de la planta. El ARN extraído se sometió a la preparación para biblioteca con el uso de TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Gold (Illumina, EE. UU.) y se secuenció en la plataforma Illumina NovaSeq 6000, con lo que se obtuvo más de 30 millones de lecturas, las cuales posteriormente se ensamblaron mediante SPAdes (Bankevich et al., 2012). De ese ensamblaje, 25 contigs de novo (que iban desde los 220 hasta los 5 465 nts) se identificaron con el uso de BLASTn con alta semejanza (>97 % de identidad nt) a varias accesiones virales disponibles en GenBank. Estas incluyeron virus tales como el Begomovirus capsicumhuastecoense (pepper huasteco yellow vein virus), cucumber mosaic virus y BPEV.
Específicamente, 10 contigs mostraron homología con BPEV (GenBank: JN019858), incluido el contig de mayor longitud generado (5 465 nts), el cual fue posteriormente depositado en el GenBank con el número de accesión PZ103604. El análisis BLASTx del contig más largo mostró una semejanza de 99 % con la poliproteína de un aislado de BPEV de Estados Unidos (GenBank: WPT38552). Asimismo, el mismo contig se agrupó con miembros del género Alphaendornavirus (Figura 1). Para el análisis filogenético se usó el software MEGA12 para construir un árbol de máxima verosimilitud mediante el uso de 1 000 réplicas de bootstrap y tomando en cuenta el modelo de sustitución de nucleótidos que mejor se ajustó a los datos, identificado como GTR+G+I.
Para confirmar la presencia de BPEV, se evaluó la planta original por medio de PCR con transcriptasa inversa (RT-PCR, por sus siglas en inglés) con el uso de RevertAid Reverse Transcriptase, DreamTaq GOTaq Polymerase, y cebadores recientemente diseñados. Los cebadores usados fueron BPEV_1591F (5′-ACAAGCTGGCCATGTTGAAT-3′) y BPEV_2396R (5′-
GAAGTCACCAGTCTGCAACA-3′) diseñados con base en varias secuencias de BPEV disponibles en GenBank, que amplifican un producto de 807 bp en la poliproteína de BPEV. La amplificación de un paso de RT-PCR se llevó a cabo bajo las siguientes condiciones: 30 min a 52 °C, 40 ciclos de 30 s a 94 °C, 45 s a 58 °C, y 1 min a 72 °C, y un paso final de 7 min a 72 °C. Debido a que este estudio representa la primera detección de BPEV en México, no hubo una muestra positiva anteriormente confirmada para funcionar como control positivo. Se incluyó un control sin plantilla (agua libre de nucleasa) en todas las reacciones de RT-PCR. Finalmente, la identidad del virus se respaldó mediante la secuenciación de Sanger de los productos de RT-PCR. Además, se recolectaron cinco pimientos morrones al azar, incluidos sintomáticos y asintomáticos del mismo invernadero comercial, y se analizaron mediante el ensayo descrito anteriormente. Todas las plantas investigadas dieron positivo con RT-PCR y la secuenciación de Sanger confirmó la identidad del virus.
El árbol filogenético fue construido usando el método de máxima verosimilitud, basado en la secuencia de la poliproteína de bell pepper endornavirus (BPEV, <italic>Alphaendornavirus capsici</italic>) y de otras secuencias de endornavirus del pimiento morrón disponibles en GenBank. Secuencias de referencia fueron seleccionadas basadas en su anotación como aislados de BPEV y la disponibilidad de sus secuencias. Los análisis fueron realizados usando el modelo de sustitución de nucleótidos correspondientes. Los valores de soporte de bootstrap (1 000 réplicas) están indicados en los nodos, solo los superiores a 50 % son visibles. La secuencia PZ103604 (indicada por una flecha) se agrupa con secuencias estrechamente relacionadas con un alto soporte bootstrap, sugiriendo una relación filogenética cercana. La secuencia DQ399290 (<italic>Betaendornavirus</italic>) fue utilizada como grupo externo. La barra de escala representa 0.20 sustituciones por sitio.
Anteriormente se ha reportado el BPEV en Polonia (Minicka et al., 2023), Eslovaquia (Tomašechová et al., 2019) y EE. UU. (Dayal et al., 2025), principalmente en plantas de pimiento morrón. Hasta donde se tiene conocimiento, este es el primer informe de una infección de BPEV en pimiento morrón en México. Si bien no son visibles los síntomas de una infección de BPEV, dada su naturaleza críptica, su presencia podría tener efectos sobre el estrés abiótico o interactuar con otros virus que infectan a la planta y deberían ser investigados más a fondo.
Conclusiones
La detección de BPEV en cultivos comerciales de pimiento morrón en Guanajuato destaca la importancia de la supervisión continua de virus emergentes, incluidos posibles infecciones mixtas con otros virus y un estudio más profundo de su impacto sobre la salud y productividad del cultivo. Si bien se detectó BPEV en plantas sintomáticas, los síntomas observados no se pueden atribuir a BPEV porque, por lo general, el virus se considera asintomático y se detectó como parte de una coinfección. Estudiar más virus tales como el BPEV podría asistir en protegernos contra futuros problemas o resultar útiles para limitar el efecto de otros virus. Hasta donde tenemos conocimiento, este es el primer informe de una infección de BPEV en pimiento morrón en México.
Limitaciones. El muestreo se llevó a cabo en un único invernadero con un número limitado de plantas.
Conflictos de interés. Los autores declaran no tener conflictos de interés con respecto a la investigación, autoría y/o publicación de este reporte.
Financiación. Víctor Manuel Martín del Campo Soler recibió apoyo de la Secretaría de Ciencias, Humanidades, Tecnología e Innovación (SECIHTI).
Agradecimientos. Gracias a los productores de pimiento morrón de Guanajuato por brindarnos acceso a sus campos comerciales.
Contribuciones de los autores. Todos los autores contribuyeron a este trabajo y revisaron la versión final del manuscrito.
ReferenciasBankevich A, Nurk S, Antipov D, Gurevich AA, Dvorkin M,et al. 2012. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. Journal of Computational Biology 19:455-477. https://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021BankevichANurkSAntipovDGurevichAADvorkinM2012SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencingJournal of Computational Biology1945547710.1089/cmb.2012.0021Dayal V, Paslay C and Ali A. 2025. First report, detection, and phylogenetic analysis of bell pepper endornavirus (BPEV) isolates infecting pepper in Oklahoma. PhytoFrontiers 5 :635-641. https://doi.org/10.1094/phytofr-03-25-0026-rDayalVPaslayCAliA2025First report, detection, and phylogenetic analysis of bell pepper endornavirus (BPEV) isolates infecting pepper in OklahomaPhytoFrontiers563564110.1094/phytofr-03-25-0026-rEscalante C. 2022. Comparison of two near-isogenic lines of Bell Pepper(Capsicum annuum):One Endornavirus-Infected and the Other Endornavirus-Free. Louisiana State University. https://doi.org/10.31390/gradschool_theses.4612EscalanteC2022Comparison of two near-isogenic lines of Bell Pepper (Capsicum annuum): One Endornavirus-Infected and the Other Endornavirus-FreeLouisiana State University10.31390/gradschool_theses.4612Minicka J, Taberska A, Borodynko-Filas N, Kaźmińska K, Bartoszewski G,et al. 2023. Viruses infectingCapsicumcrops in Poland and molecular characterization of newly detected bell pepper alphaendornavirus (BPEV). Crop Protection 106478. https://doi.org/10.1016/j.cropro.2023.106478MinickaJTaberskaABorodynko-FilasNKaźmińskaKBartoszewskiG2023Viruses infecting Capsicum crops in Poland and molecular characterization of newly detected bell pepper alphaendornavirus (BPEV)Crop Protection10647810647810.1016/j.cropro.2023.106478Okada R, Kiyota E, Sabanadzovic S, Moriyama H, Fukuhara T,et al. 2011. Bell pepper endornavirus: molecular and biological properties, and occurrence in the genusCapsicum. Journal of General Virology 92:2664-2673. https://doi.org/10.1099/vir.0.034686-0OkadaRKiyotaESabanadzovicSMoriyamaHFukuharaT2011Bell pepper endornavirus: molecular and biological properties, and occurrence in the genus CapsicumJournal of General Virology922664267310.1099/vir.0.034686-0Paudel S, Valverde A and Davis J. 2024. Bell pepper endornavirus alters green peach aphid (Hemiptera: Aphididae) host choice and population dynamics. Journal of Economic Entomology 118 :57-62. https://doi.org/10.1093/jee/toae256PaudelSValverdeADavisJ2024Bell pepper endornavirus alters green peach aphid (Hemiptera: Aphididae) host choice and population dynamicsJournal of Economic Entomology118576210.1093/jee/toae256Tomašechová J, Hančinský R, Predajňa L, Kraic J, Mihálik D,et al. 2019. High-throughput sequencing reveals bell pepper endornavirus infection in pepper (Capsicum annum) in Slovakia and enables its further molecular characterization. Plants 9:41. https://doi.org/10.3390/plants9010041TomašechováJHančinskýRPredajňaLKraicJMihálikD2019High-throughput sequencing reveals bell pepper endornavirus infection in pepper (Capsicum annum) in Slovakia and enables its further molecular characterizationPlants9414110.3390/plants9010041Phytopathological ReportFirst detection of bell pepper endornavirus infecting bell pepper in Guanajuato, MexicoABSTRACT
Background/Objective.
Bell pepper (Capsicum annuum) is one of the most important agricultural crops of Mexico. Globally, over 60 virus species have been reported infecting Capsicum spp., some of them are associated with significant losses in yield and quality. The objective of this report is to determine the presence of bell pepper endornavirus (BPEV, Alphaendornavirus capsici) in bell pepper crops in Guanajuato, Mexico.
Experimental development.
Samples of bell pepper plants were collected from a commercial greenhouse in Guanajuato, Mexico, in May 2024. A symptomatic plant (mosaic, leaf yellowing, and dwarfing symptoms) was analyzed by high throughput sequencing (HTS). Detection and identification were performed on individual samples using reverse transcription PCR (RT-PCR) and corroborated by Sanger sequencing. A phylogenetic analysis was conducted to investigate genetic diversity of the virus.
Results.
A partial sequence of BPEV was generated by HTS and de novo assembly (GenBank: PZ103604), this virus was part of a mixed infection in the symptomatic plant, including Begomovirus capsicumhuastecoense (pepper huasteco yellow vein virus) and Cucumber mosaic virus. In addition, five bell pepper plants, including symptomatic and asymptomatic, tested positive for BPEV using RT-PCR, the identity of the virus was confirmed through Sanger sequencing and phylogenetic analysis.
Conclusion.
The detection of BPEV in commercial bell pepper crops in Guanajuato highlights the importance of continuous monitoring of emerging viruses, including possible mixed infections with other viruses, and further studying their impact on crop health and productivity. Although BPEV was detected in symptomatic plants, the observed symptoms cannot be attributed to it as it was detected as part of a co-infection. To our knowledge, this is the first report of BPEV infecting bell pepper in Mexico.
Bell pepper (Capsicum annuum) is one of the most important agricultural crops of Mexico. According to public data from the Mexican government, national production was around 580,000 tons in 2025, with Sinaloa, Sonora, Jalisco and Guanajuato the main producing states (https://nube.agricultura.gob.mx/cierre_agricola/). More than 60 virus species have been reported infecting Capsicum spp., many of which are responsible for significant yield and quality losses worldwide (Petrov et al., 2024).
Endornaviruses can infect a wide range of hosts, such as plants, fungi and oomycetes. Several plants of economic and nutritional importance can be infected by endornaviruses, plants such as beans, cereals, cucurbits and peppers have reported infections. These viruses cause no visual symptoms and results in minor losses in fruit quantities and weight loss (Paudel et al., 2024).
Bell pepper endornavirus (BPEV, Alphaendornavirus capsici) is an RNA virus that infects bell pepper plants, transmitted vertically through infected seeds. BPEV does not cause apparent symptoms; however, its interactions with other viruses have become a topic of increasing interest, as coinfections involving BPEV may influence disease development and symptom expression (Paudel et al., 2024 and Escalante, 2018). To further aid the future investigations surrounding these interactions, the objective of this report is to determine the presence of BPEV in bell pepper crops in Guanajuato, Mexico.
Experimental development
In 2024, a sample from a bell pepper plant cultivar ‘Magno’ displaying mosaic, leaf yellowing, and dwarfing symptoms was collected from a commercial greenhouse in the state of Guanajuato. Due to confidentiality considerations, further details regarding the exact location of the site where the symptomatic plant was collected cannot be disclosed. To investigate the etiology of the symptoms and the possible presence of a viral infection, a high throughput sequencing (HTS) analysis was performed at Tecnologico de Monterrey. Briefly, through the use of the MagMAX Viral Kit in combination with the KingFisher Apex System from Thermo Fisher Scientific (USA), total RNA was extracted from the plant’s leaves. The extracted RNA was subjected to library preparation using TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Gold (Illumina, USA) and sequenced on the Illumina NovaSeq 6000 platform yielding over 30 million reads which were subsequently assembled using SPAdes (Bankevich et al., 2012). From that assembly, 25 de novo contigs (ranging from 220 to 5,465 nts) were identified using BLASTn with high similarity (>97% nt identity) to several viral accessions available in GenBank. These included viruses such as Begomovirus capsicumhuastecoense (pepper huasteco yellow vein virus), cucumber mosaic virus, and BPEV.
Specifically, 10 contigs showed homology to BPEV (GenBank: JN019858), including the longest generated contig (5,465 nts), which was later deposited at GenBank under accession number PZ103604. BLASTx of the longest contig showed a similarity of 99% to the polyprotein of a BPEV isolate from the USA (GenBank: WPT38552). Likewise, the same contig clustered with members of the genus Alphaendornavirus (Figure 1); for the phylogenetic analysis, the MEGA12 software was used to construct a maximum likelihood tree using 1,000 bootstrap replicates and considering the best-fitting nucleotide substitution model, identified as GTR+G+I.
To confirm the presence of BPEV, the original plant was evaluated by reverse transcription PCR (RT-PCR) using RevertAid Reverse Transcriptase, DreamTaq GOTaq Polymerase, and newly designed primers. The primers employed were BPEV_1591F (5′-ACAAGCTGGCCATGTTGAAT-3′) and BPEV_2396R (5′-GAAGTCACCAGTCTGCAACA-3′) designed based on multiple BPEV sequences available in GenBank, which amplify a product of 807 bp in the BPEV polyprotein. The one-step RT-PCR amplification was performed under the following conditions: 30 min at 52 °C, 40 cycles of 30 s at 94 °C, 45 s at 58 °C, and 1 min at 72 °C, and a final step of 7 min at 72 °C. Because this study represents the first detection of BPEV in Mexico, no previously confirmed positive sample was available to serve as a positive control. A no-template control (nuclease-free water) was included in all RT-PCR reactions. Finally, virus identity was supported by Sanger sequencing of RT-PCR products.
Additionally, five bell peppers were randomly collected, including symptomatic and asymptomatic, from the same commercial greenhouse and tested using the above-described assay. All the investigated plants tested positive via RT-PCR and Sanger sequencing confirmed the identity of the virus.
BPEV has previously been reported in Poland (Minicka et al., 2023), Slovakia (Tomašechová et al., 2019) and the USA (Dayal et al., 2025), mainly in bell pepper plants. To our knowledge, this is the first report of BPEV infecting bell pepper plants in Mexico. Although the symptoms of a BPEV infection are not visible, given their cryptic nature, its presence may have effects on abiotic stress or interact with other viruses infecting the plant and should be further investigated.
Phylogenetic tree constructed using the Maximum Likelihood method based on the bell pepper endornavirus (BPEV, <italic>Alphaendornavirus capsici</italic>) polyprotein sequence and other <italic>Alphaendornavirus</italic> sequences available in GenBank. Reference sequences were selected from GenBank based on their annotation as BPEV isolates and sequence availability. The analysis was performed using the corresponding nucleotide substitution model. Bootstrap support values (1,000 replicates) are indicated at the nodes, showing only those greater than 50%. Sequence PZ103604 (indicated by an arrow) clusters with closely related sequences with high bootstrap support, suggesting a close phylogenetic relationship. Sequence DQ399290 (<italic>Betaendornavirus</italic>) was used as the outgroup. The scale bar represents 0.20 substitutions per site.
Conclusions
The detection of BPEV in commercial bell pepper crops in Guanajuato highlights the importance of continuous monitoring of emerging viruses, including possible mixed infections with other viruses, and further studying their impact on crop health and productivity. Although BPEV was detected in symptomatic plants, the observed symptoms cannot be attributed to BPEV because the virus is generally considered symptomless and was detected as part of a co-infection.
Further studies into viruses such as BPEV could aid in protecting us against future problems or prove useful in limiting the effect of other viruses. To our knowledge, this is the first report of BPEV infecting bell pepper in Mexico.
Limitations. Sampling was done in a sole greenhouse with a limited number of plants.
Conflicts of Interest. The authors declare that they have no conflicts of interest regarding the research, authorship, and/or publication of this report.
Funding. Víctor Manuel Martín del Campo Soler recieved support from Secretaría de Ciencias, Humanidades, Tecnología e Innovación (SECIHTI).
Acknowledgments. Thanks to the bell pepper growers in Guanajuato for giving access to their commercial fields.
Authors' Contributions. All authors contributed to this work and revised the final version of the manuscript.